【保存版】所得税の勘定科目ガイド｜納付・源泉徴収・修正申告対応

はじめに知っておきたい所得税の基本

所得税とは、個人が1年間に得た所得に対して課される国税です。日本では累進課税制度が採用されており、所得が高くなるほど税率も上がる仕組みです。

企業の経理に関してよく登場する所得税は、主に従業員の給与や賞与から天引き（源泉徴収）する所得税を指します。

この源泉徴収された所得税は、会社が従業員から一時的に預かっているお金であり、後日まとめて企業が税務署へ納付します。

所得税はあくまで従業員の個人に課される税金であり、会社が立て替えて払うものではありません。仕訳の際も、経費ではなく預り金などの負債科目で処理するのが基本です。

所得税の処理は「預り金」が基本

従業員や役員に対して給与や報酬を支払う際、会社は所得税を源泉徴収します。このときの会計処理で重要となるのが「預り金」という勘定科目です。

ここでは、法人経理における「預り金」の正しい使い方と、具体的な仕訳例について解説します。

従業員の所得税は預り金で処理

会社が従業員の給与から天引きした源泉所得税は、「預り金」という負債の勘定科目で処理します。

源泉徴収した所得税は、会社の売上や利益ではなく、あくまで従業員に代わって税務署へ納付するために一時的に預かっているお金です。そのため、会計上は負債として「預り金」勘定を使って仕訳を行います。

仕訳例：給与支給時（支給額：30万円、源泉税：3万円）

仕訳例：源泉所得税の納付時

会計ソフトでは、「預り金」の中でも源泉所得税や社会保険料などを補助科目で分けておくと、税金ごとの管理がスムーズになります。

参考：源泉徴収が必要な報酬・料金等とは｜国税庁

役員報酬や賞与で徴収した所得税も預り金で処理

役員報酬や賞与（ボーナス）から源泉徴収した所得税も、毎月の給与と同じく「預り金」勘定で処理するのが原則です。

役員報酬や賞与も、会計上は従業員の給与と同じく個人の所得と見なされます。そのため会社は所得の種類にかかわらず、支払いを行う際に所得税を天引きする「源泉徴収義務者」としての役割を担います。

仕訳例：役員報酬支給時（報酬：50万円、源泉税：5万円）

給与や役員報酬、賞与など支払い名目ごとに勘定科目を変えるのではなく、一貫したルールで管理することが、経理業務をシンプルにし、ミスを防ぐための重要なポイントです。

参考：源泉徴収が必要な報酬・料金等とは｜国税庁

年末調整で還付金があった場合の仕訳

年末調整の結果、従業員に対して所得税を還付することがあります。これは税金を会社が負担するということではなく、預かりすぎた分を返金するという意味合いです。

そのため、会計上は「預り金」の残高を減らす仕訳となります。

仕訳例：還付金1万円を給与に上乗せして支給した場合（給与30万円）

年末調整で発生した還付金は、過剰に預かっていた金額を返す処理です。あらかじめ会計ソフトで年末調整用の補助科目を設定しておくと、処理のミスを防ぎやすくなります。

間違いやすい所得税に関するその他の勘定科目

所得税の処理には基本ルールがありますが、実務では例外的なケースに遭遇することも少なくありません。

たとえば、納付遅れによる延滞税や加算税、あるいは従業員の所得税を会社が負担するケースなど、正しい勘定科目の判断に迷う場面が出てきます。

そこで、経理実務でとくに間違いやすい5つのケースを取り上げ、それぞれの正しい処理方法をわかりやすく解説します。

• 不納付加算税・延滞税の勘定科目
• 会社が肩代わりした所得税の勘定科目
• 修正申告などによる再納付した所得税の勘定科目
• 復興特別所得税の勘定科目
• 定額減税の処理に対する仕訳と勘定科目

不納付加算税・延滞税の勘定科目

源泉所得税の納付が遅れた場合、税務署から延滞税や不納付加算税が課されることがあります。これらは罰則的な性質の強い税金であるため、通常の所得税とは会計処理が異なる点に注意が必要です。

会計上の仕訳では、これらの費用は「租税公課」で処理します。

仕訳例：延滞税10,000円を納付した場合

ただし、延滞税として納付し、租税公課で処理した支出は損金不算入となります。損金不算入とは、会計上は費用として計上していても、法人税の計算では経費として認められないお金のことです。

これらは納税の遅れに対するペナルティという性質をもつため、法人税法上、会社の経費（損金）として認めることはできないというルールになっているためです。

そのため、会計上は費用として処理しても、税務申告書では課税所得に加算しなおす必要がある点を覚えておきましょう。

納付漏れは思わぬコスト増につながるため、あらかじめ納付スケジュールを把握し、会計ソフトやカレンダー機能で通知を設定しておくのが有効です。

参考：損金の額に算入される租税公課等の範囲と損金算入時期｜国税庁

会社が肩代わりした所得税の勘定科目

本来、源泉所得税は従業員の給与から天引きして納付するのが原則です。しかし、なんらかの理由で天引き漏れが発生し、会社が従業員の代わりに支払った場合、その金額は追加の給与として扱われることになります。

したがって、処理上は以下のように「給与手当」で仕訳を行います。

仕訳例：肩代わりした所得税10,000円を納付した場合

この仕訳は、会社が実質的に従業員へ追加の金銭を支給したという位置づけです。源泉徴収を忘れていた場合も、最終的には給与支給額に含めて税務処理する必要があります。

修正申告などによる再納付した所得税の勘定科目

年末調整や税務調査の結果、所得税の計算に誤りがあり、追加で税金を納めるケースもあります。このような場合も、基本的には従業員にかかる税金として「預り金」を使用して処理しましょう。

たとえば従業員の給与に関する過少申告が判明し、追加で源泉所得税を納める場合は以下のような仕訳になります。

仕訳例：再納付額 20,000円の場合

このようなミスを防ぐには、年末調整の内容を事前に複数人で確認するなど、社内のダブルチェック体制を整えておくことが有効です。

復興特別所得税の勘定科目

「復興特別所得税」は、東日本大震災からの復興を目的に創設された税制度で、所得税に一定割合（2.1％）を上乗せして課されます。

計算上は所得税と別に扱いますが、会計処理上は通常の所得税に含めて「預り金」として一括処理するのが原則です。

たとえば、給与から天引きする源泉所得税の中に復興特別所得税が含まれている場合でも、仕訳では個別に分ける必要はありません。

仕訳例：給与30万円、源泉税（復興税含む）3万円の場合

帳簿上で復興特別所得税を分けて処理すると、かえって管理が煩雑になりやすいため、原則として合算処理が推奨されます。

2037年（令和19年）まで課される制度ですが、特別な処理が必要な訳ではないので、復興特別所得税が上乗せされた金額である点だけ認識しておきましょう。

参考：個人の方に係る復興特別所得税のあらまし｜国税庁

定額減税の処理に対する仕訳と勘定科目

2024年6月から始まった「定額減税」により、所得税および住民税の源泉徴収実務に変化が生じています。

同制度は、ひとりあたり年4万円（所得税3万円＋住民税1万円）を、給与・賞与支給時の源泉税額から控除する形で実施されます。

この制度により、月々の源泉所得税が実質的に減額されるため、従業員の手取り額が一時的に増える点が最大の特徴です。

経理担当者は以下のポイントを押さえておきましょう。

※令和6年度に実施された内容

月次減税で控除する額は、貸方の「預り金」から直接減額する形で処理します。

仕訳例：給与30万、本来の源泉税1万円、定額減税1万円の場合

なお、2025年度においては情報が発表されていないため、最新情報を知りたい方は、国税庁の公式サイトを随時ご確認ください。

参考：定額減税特設サイト｜国税庁

所得税の納付期日を逃さないためのスケジュール管理方法

企業の経理担当者にとって、税金の納付期日を正確に把握することは非常に重要です。

所得税をはじめ、法人税や消費税、住民税や事業税など法人が対応すべき税金は多岐にわたり、納付スケジュールもバラバラです。

納付が遅れると、延滞税や加算税などのペナルティが発生する可能性があるため、スケジュール管理の仕組みづくりは必須といえるでしょう。

ここでは、納付忘れを防ぐための実践的な方法として、以下の2点を解説します。

• 税目ごとの「年間納付スケジュール表」を作る
• 会計ソフトの納税スケジュール機能を活用する

税目ごとの「年間納付スケジュール表」を作る

まず取り組みたいのが、納付スケジュールを一覧表にまとめることです。税金の種類ごとに納付時期と期限を明記し、いつ・何の税金を支払う必要があるのかを可視化することで、対応漏れを防げます。

例：決算月が3月の場合の納付スケジュール表

スケジュール表はExcelやGoogleスプレッドシートなどで作成すると便利です。カレンダー機能と連携させて、リマインダー通知を設定すれば、納付忘れをさらに防止しやすくなります。

参考：源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

会計ソフトの納税スケジュール機能を活用する

クラウド型の会計ソフトを使っている場合は、ソフトに備わっている「納税スケジュール管理機能」を活用するのも有効です。

たとえば、クラウド型の会計ソフトには以下のような機能が搭載されているケースが多くあります。

これらの機能を活用すれば、担当者の負担を減らしつつ、ヒューマンエラーによる納付遅れを効果的に防げます。

納税スケジュールを適切に管理することは、延滞税や加算税といった無駄な出費を防ぎ、企業の信用を守るうえでも重要です。

まずは年間スケジュール表の作成からはじめ、会計ソフトの管理機能も併用して、確実な納税管理体制を整えましょう。

所得税の勘定科目で悩んだら「楽楽精算」を活用しよう

所得税の仕訳ルールを理解していても、日々の経費精算や会計処理の中で判断に迷う場面は少なくありません。とくに、経費精算時に勘定科目を誤ると、月次決算や年末調整、税務申告にまで影響が及ぶおそれがあります。

そうしたミスを防ぎつつ、経理業務全体を効率化する手段として注目されているのが、クラウド型の経費精算システム「楽楽精算」です。

「楽楽精算」を活用する主なメリットと主な機能は、以下のとおりです。

導入によって得られるメリットは、単なる作業時間の短縮にとどまりません。紙書類の回覧・保管が不要になることでペーパーレス化が進み、テレワーク環境下でも経費精算がスムーズに行えます。
また、ICカードの履歴や法人カードの明細と連携させることで、申請内容の正確性が高まり、不正防止や内部統制強化にもつながります。

所得税に関する会計処理のミスを減らしたい、経費精算に時間を取られている、そのような悩みがある方は、まず以下から「楽楽精算」の資料をご覧ください。