定期券区間のはずなのに社員が交通費を請求してきたらどうすればいいですか？

まずは事実関係を確認することが重要

通常、通勤定期券と営業ルートが一致している場合については、個別に切符を購入せずに、定期券を使って乗車すればいいはずです。それをわざわざ個別に精算している点は非常に腑に落ちないところです。

また、ルートが完全に一致していなくても、定期券と重なるルートを経由している場合等については、通常の交通費よりもかかった実費運賃が定期券の区間分安くなるはずです。
この部分については非常に見つけにくいのですが、経理担当の腕の見せ所と思ってしっかりとチェックしましょう。

もしも、このような交通費精算書を見つけた場合は、まず本人に使用ルートを確認しましょう。

交通費精算規定と社員への周知徹底が重要

このような交通費の二重精算は、会社の経費を無駄に使ってしまうことになるばかりか、社員の不当利得問題にまで発展してしまう可能性もあります。

そのため、このあたりの認識がグレーになっている場合は、必ず交通費精算規定にその旨をしっかりと明記し、その上で全社員に対して、定期券と同一ルートの場合の交通費精算方法について、再度周知徹底するようにしましょう。

まとめ

定期券があるのにも関わらず、あえて切符を買う必要はありません。そのため、定期券の全部又は一部が重なる区間を営業などで利用する際には、必ず定期券を活用してもらうようにしましょう。
また、これら交通費精算をスムーズに行うためには経費精算システムを導入するとより効率的です。是非検討してみましょう。