交通費精算をする際に金券ショップなどで安いチケットを社員に調達させても良いのですか？

経理上の問題はないが、、、

確かに、地方出張などが多い会社にとって交通費という経費は悩みの種かもしれません。そのため、社員に金券ショップで格安のチケットを調達させたとしても、きちんと領収書をとっていれば経理上は何の問題もないでしょう。
ただ、いちいち金券ショップでの調達を依頼する会社を、社員がどう思うかは別問題です。

金額にばらつきが出るのはよろしくない

交通費精算に金券ショップを利用するとさまざまな支障が出てきます。

例えば、社員が自発的に金券ショップでチケットを調達してきた場合、以後同じ区間で他の社員が出張する場合についても、できる限り金券ショップで購入してもらわないと、書類上は不自然に金額が変わってしまうため税務調査などで理由を聞かれる可能性があり面倒です。

また、格安チケットもチケットショップによって相場が異なるため、これらの金額を管理する経理の負担が大きくなるでしょう。

まとめ

このように交通費として金券ショップを利用すると、経理処理上はばらつきが生じることとなるためあまり好ましくはないでしょう。そのため、金券ショップを利用するのは、よほど経営が厳しくなった時だけにしたほうが良いでしょう。
また、交通費精算はクラウドの経費精算システムを導入すると非常にスピーディーに処理ができます。まだ導入が済んでいない場合は、早急に検討することをお勧めします。