交通費精算の際に電車と新幹線で領収書の要不要が変わってくるのでしょうか？

交通費の領収書は原則必要と理解しましょう

おそらくほとんどの会社では、1,000円以内程度の交通費精算については、領収書を不要として精算していると思います。
けれども、それは領収書が発行されないから不要なわけではありません。

そもそも僅かな切符代でも、駅員に言えば領収書を出してもらえますし、Suica®※でチャージすれば領収書も出ます。
それにも関わらず領収書なしで交通費精算しているのは、社内規定で一定以下の交通費については、領収書の添付を不要としているからなのです。

※Suica®は東日本旅客鉄道株式会社の登録商標です。

なぜなら、仮にすべての交通費に領収書の添付を求めると、経理担当は膨大な領収書の束を管理しなければならなくなるため、現実的ではないのです。
税務上も、このような合理的な理由があれば、社内規定領収書不要の規定を設けても特段問題ないのです。

新幹線の場合は領収書が原則必要

ただし、交通費の金額が多額になる新幹線や航空券の場合については、たとえ社内規定で領収書不要と規定しても、万が一税務調査が入れば不適切との指摘を受ける可能性があります。

例えば東京都の会社であれば、都内の移動程度であれば領収書は不要という認識で良いと思いますが、他県にまたがって長距離を移動したり、特急や指定席を利用するような場合については、領収書を提出してもらうようにしましょう。

まとめ

交通費精算の際の領収書の扱いは、中小企業の場合グレーな運用をしていることも多いため、判断がつかない時は顧問税理士などに一度確認するといいでしょう。

また、交通費精算を楽にする経費精算システムの導入がまだお済みでない場合は、経理の効率化のためにも是非これを機会に検討してみてはいかがでしょうか。