自家用車で通勤している社員が駐車している場所の駐車料金は交通費精算できますか？

原則は会社の規定に準じて処理をする

マイカー通勤をする会社の多くは、社員用の駐車場も完備しているケースがほとんどですので、このような問題は発生しにくいかと思います。

ただ、会社の役職者クラスになると、外部で駐車場を借りて車を駐車させることもあるでしょう。このような場合は、仮に内規で駐車料金を支給する旨の規定があれば、会社で負担することもできなくはないでしょう。ただし、月極駐車場の月額駐車代金を会社が全額負担するとなると、過度な福利厚生ととられる可能性があります。
そのため、もしも駐車料金を支給するのであれば、車通勤手当などとして、一律一定の金額を支給するにとどめる方が無難でしょう。

会社名義で駐車場を借り上げるという選択肢も

この他にも、社員が自分で借りた駐車場の駐車代金を会社が負担する方法ではなく、会社自体で近隣の駐車場を借りてしまうという方法もあります。

この場合は交通費精算ではなく、駐車場の月額料金を地代家賃として処理することになります。

ただし、一定の人の車のみを駐車できる場合は、その人の給料扱いになる可能性があります。

参考：No.2508　給与所得となるもの｜国税庁

まとめ

地方の場合はマイカー通勤の方も多いため、駐車場の確保や待遇は重要となります。通勤手当として支給するか、それとも駐車場自体を会社で契約するかは、その時の状況によって判断が分かれるところでしょう。
このような場合は、一度顧問税理士などに相談してみましょう。