同じ営業先なのにその都度違う金額で交通費精算してくる社員がいます。どうすればいいですか？

なぜ金額が違うのかの理由が重要

毎回同じ取引先にも関わらず、違う金額で交通費精算書を提出しているということは、その理由は概ね２通り考えられます。

１つ目は、単純に本人の記入ミスもしくは計算ミスが考えられます。
２つ目は、利用区間が同じでも、経路が異なっている可能性があります。

例えば、新宿から池袋に行く場合、通常は山手線で行けばすぐですが、行こうと思えば丸ノ内線でも行けないことはありません。
山手線が人身事故で止まっていて、他の路線で行かざるを得ない状況だったのであれば、同じ区間でも交通費の金額が変わる可能性があります。

金額が通常と違う場合は、業務日報との確認が必要

このような場合は、まず本人を呼んで直接事情を聞く前に、業務日報を確認して当日の本人の動きを確認しましょう。また、電車の遅延等で経路が変更となった場合については、その証拠として鉄道会社のホームページの遅延情報や駅で配布されている遅延証明書の添付を社員に要請するとより確実でしょう。

まとめ

このようなケースでは、一見すると社員の不正受給やミスと判断しがちですが、きちんと調べていくと合理的な理由が存在するケースもありますので注意しましょう。
また、こういった経理処理をスムーズにするためには、クラウドの経費精算システムを導入することをおすすめします。